男同士で2作品3本の該当報告です。

・真・魔導物語シリーズ（小説）
時空転移機が異界物質を転送させられないため、異世界人のラグナス（少年の姿の青年）がシェゾ（青年）と“マインドチェンジャー”で身体を入れかえてから時を越えます。ちなみに両者の合意は無し。シェゾを気絶させて、ラグナスは入れかわった後のために縛り付けられた状態でマシーンにかけられます。手元には6巻だけあるのですが、P130で該当展開になってから、巻が終わっても入れかわったままです。
…紹介しておいてなんですが、（6巻の段階では）入れかわりならではの描写が皆無です。

・Teenage Mutant Ninja Turtles（海外アニメ）
24話 "The Old Switcheroo"
スプリンターとシュレッダーが機械にかかって入れ替わります。日本では二度吹き替えられました。

100話 "Raphael Drives 'em Wild"
タクシードライバーのオスカーがラファエルを乗せて運転中に、人格変化機が作動して入れ替わります。服も入れ替わっている、ミスキャスト型、鏡には本来の姿で写る、運動神経を受け継いでいる、と描写がカオス。日本語版はありません。