東京貨物ターミナル付近に
先程から停車しているDr.は
皆さんが仰っている上りとは
違うのですか？

「先程」東京駅方面から入線してきたのなら、上って来たドクターイエローでしょうね。
でもドクターイエローは２編成あるので、13時半以前からずっと止まったままでしたら、違う方でしょう。