今年は長崎市中学新人戦地区予選（東西南北）の試合がペレ杯になったのでしょうか？

日本協会がリーグ戦を推奨しているということからだと思いますが、トーナメントからリーグ戦に変更されたようです。
新人戦とリーグ戦は関係ありません。

ただし、このリーグ戦は現在行われています県リーグ（１部・２部）への２部リーグ参入権へとつながっていきます。

新人戦とリーグ戦は関係あります。このリーグ戦で新人戦のシードを決めてますし、リーグ戦の結果で新人戦のトーナメントの組み合わせが変わってきます。

申し訳ありません。
結果が新人戦の組み合わせに関係していたんですね。
ご指摘ありがとうございました。

詳しい情報ありがとうございます。理解できました。