県トップリーグの後期リーグは
高円宮杯の代表決定も兼ねてるのですか。
他県ではトップリーグの成績と高円宮杯の予選の成績で
上位チームが代表決定戦をしてるみたいですが。

確定事項ではないのでどうなるのか詳細はわかりませんが、高円宮杯は高校と同じでリーグ戦を重視するように中学でもなっていくそうです。
長崎県では宅島杯が県予選として昨年までは行われていましたが、今年は県リーグ（一部リーグ後期の結果）と宅島杯の上位チームで決定戦のような形になるのではないかという話です。
まだ確定事項ではないので、あくまでもこの書き込みは＜予定＞です。

質問ですが県トップリーグの後期は現在の一年生のチーム（新チーム）のメンバーで戦うのですか？宜しくお願いします。

一部リーグの組み合わせを掲載したページの下に一部・二部がどう進行していくのかをおおまかに明記しています。
後期リーグは現2年生になります。
現1年生からになるのは、プレ大会以降になります。