今長崎市ではU-10のトレセン？が始まっていると思うのですが、今後の活動でU-12のような大会などがあるのですか？何か情報をご存知の方は教えてください。

トレセン大会などは予定されていません。
この年代は２０１４年に行われる長崎国体時に中心となる年代で、その強化・普及の意味で今年からU-10トレセンが行われているのだと思います。

他の競技では、長崎国体の強化指定選手は現小学５，６生で、その年代が国体でも中心になるそうですが、サッカーだけはやっぱり下の年代になるんですか？

サッカーは１６歳が国体対象年代です。
なので現在のＵ−１０（５年生早生まれ及び４年生以下）が６年後に１６歳になります。