特に近年（代表格ではラルクやコブクロなど）多いですが、
ベスト盤で初収録になったシングル曲を「オリジナルアルバムには未収録だから」という理由で次のオリジナルアルバムにまた収録するのはどうしてなのでしょうか？

収録曲を被らせる意図が分からないのとファンにとっては「また収録するの？」ということになりますし、こんな事をするぐらいなら

?アルバム未収録シングルを先にベスト盤に入れたなら、次のオリアルではベスト盤以降のシングルのみを収録する（B'zやGLAY、大半のジャニーズの歌手がよくやってます）
?ベスト盤でのシングル曲は前作までのオリアル収録曲のみにする（ミスチルやBUMPなど近年では多い印象があります）

のどちらかにするならまだ納得ができるんですけど、いかがでしょうか？

つんくがモー娘。のC/W集を出した時に語っていますが、
ミュージシャン視点では概ねこの理由なのではないかと思います。
http://www.tsunku.net/producework.php...

ただベスト盤に新曲などが入っていると結局ベスト盤もコンプリートに必須になってしまいますし、コンセプト上の理由みたいなのも特に感じられない今回のコブクロみたいなケースは最もファン泣かせな仕様ですよね。

宇多田ヒカルの「SINGLE COLLECTION VOL.1」=>「ULTRA BLUE」の時も、
ベストに一度入ったシングル曲を、オリジナルに入れた理由として、
「アルバムに全部のシングルが入っていないと嫌」と述べていた記憶があるので、
確かにつんくと同様、基本的にはこれが理由ではないかとは思います。

あと、B'zについてですが、実は「B'z The Best "Pleasure II"」=>「MONSTER」の時に、
一度「OCEAN」を再度収録したことがあります。
最も「OCEAN」の場合は、アルバム用にミックスし直したバージョンだったので、
個人的にはそれなりに納得の行く仕様ではありました。

yakoさんが述べた?、?は勿論のこと、それが無理であるならば、
アルバムバージョンなどに仕上げるなりして、購入者を損させないで欲しい所です。