ヒットしたけれど何気に貴重音源盤はどういうモノがあるのでしょうか？
（BEST盤でもシングルVerではない）

個人的にはZARD「Don't you see!」「君に逢いたくなったら･･･」の初版・「永遠」
松任谷由実のシングル（アルバムはアルバムVerが多い）
Mr.Children「Tomorrow never knows」（アルバムは基本アルバムVer)
MY LITTLE LOVER「ALICE」（アルバムは基本アルバムVer)

真っ先に浮かぶのはもう上げられちゃってますので、パッとは浮かびませんが探せばけっこうあるんじゃないですかね。
ベスト盤で毎回アルバムバージョンだと言われている氷室京介のKiss Meとか。

ヒットして8センチシングル以降で出回っているやつは中古にも大量に出回ってますので貴重かというとそうでもないですが、みんなサブスクになってしまうこれからの若い世代にとってはCD世代にとってのレコードでしか聞けない音源と同格の扱いにはなっていっているのかもしれないですね。

特にシングルとして配信されている音源が差し替えられているユーミンやALICEなんかはもう…。真夏の夜の夢のBメロのエコーが1回少ないとか知らない人の方が多くなっているでしょうし。

　サブスクのシングルさえもシレっとアルバムVerとかに差し替えられているとそれが「原曲」と思われてしまうので厄介ですよね･･･

　今はまだ8センチCDが中古で出回っていますが、そのうちそれも終わってしまうと、本当に幻の音源になってしまいそう･･･
(マイナーなシングルなら、それはそれで･･･という感じだろうし、多少の音違い程度なら判りますが、結構異なると何か別モノという感じ）
　アーティスト側はその音源を無かったことにしようとしているのかもしれませんが、それが何十万・何百万と売れてしまっているのだから、無理に差し替えても微妙だな･･･とは想います。

地味なところで、山根康広「Get Along Together」(93.1.21リリース版)
有線で盛り上がり、シングルがまもなくTop10入りしそうなタイミングで、
「Get Along Together-愛を贈りたいから-(ニューバージョン)」(93.9.6)をリリースで、ミリオンヒット。

先に出ていた1stアルバムの音源も、こちらに差し替えました。
テレビでの歌唱も全てニューバージョンとなり、旧版は事実上お蔵入りしたも同然なので何気に貴重です。
(旧版は、サビの盛り上がりもなく淡々と曲が終わってしまい、とても地味です)

さらに地味なところでは、氷室京介「JEALOUSYを眠らせて」
1990年のシングル年間11位という作品なのですが、バージョン違いも多い作品です。
今はラジオ等のオンエアでシングル盤がかかる事はまずないです。
稀にラジオオンエアされる場合でも、シングルバージョンが入っているベスト盤を使用するケースが多いのですが、こちらは曲名自体を「JEALOUSY」に変更してしまっており、その曲名で流されます。

「Get Along Together」はニューバージョンしか聴いたことが無いですね･･･

　氷室さんも結構シングルとアルバムで異なるイメージがあります。

ヒットをオリコン1位獲得曲だとすると、少年隊が一昨年ベストアルバムを出していなければ少年隊シングルが入手困難でしたね。

あと真っ先に思い浮かぶのはやはりユーミン、小田和正、財津和夫のコラボシングル｢今だから｣。
オリコン1位獲得曲で史上唯一の未CD化楽曲です。
でもレコードは別に入手困難ではないのでレアと言えるかは微妙です。

キャンディーズの｢やさしい悪魔｣の木魚バージョンは差し替えられてしまったのでレアかもしれません。(ZARDに似てる状況)

浜田省吾｢悲しみは雪のように｣の1992年シングルと同じバージョンは何気にアルバム未収録ですね。(配信やオムニバス作品には収録されてるのかな？よく知らない)

　個人的にヒットの定義は取り敢えず(90年代の）年間100(もしくはTOP10位には入っている）

　コラボ系は厄介ですね･･･
　Little Kissの「A.S.A.P」やカールスモーキー石井・松任谷由実「愛のWAVE」(カップリングの「浪漫の伝言」とかはシングルでなければ聴けない）、USED BE A CHILD「僕等が生まれたあの日のように」と言った辺り･･･

　何気にSPEEDの「Wake Me Up!!」もアルバムは別Ver(avexとかから出ている非公認のは判らないが･･･）

　何気に安室さんの「Don't wanna cry」もそうですね。（シングルは「Radio Edit」と記載）BEST盤「18　19　20」でも歌詞が長くなっているVerですし･･･（avexのオムニバスのは判りませんが･･･）

　trfの「Love&Peace,Foever」は1曲目が「Radio　Edit」でその後に「ORIGINAL MIX」（歌詞カードはORIGINAL MIX)と少し長め。しかしBEST系では「Radio Edit」が収録。